Ce serait, selon Alain Damasio, une révolution aussi importante que celle de l’IA : à partir d’échantillons d’ADN prélevés dans les milieux naturels, les scientifiques sont aujourd’hui capables d’identifier tous les êtres vivants qui ont traversé un milieu donné. Cette technique prend le nom d’ADN environnemental, un concept que développe le naturaliste Benjamin Allegrini à travers sa société Spygen, dans un nouveau livre intitulé L’adn fantôme, Quand l’invisible laisse des traces.
Qu’est-ce qui a fait de vous un naturaliste ?
Benjamin Allegrini : Pour certains, ça commence avec les pierres ou les plantes. Pour moi, je raconte un peu dans mon bouquin que ça a commencé par l’observation de plusieurs espèces d’oiseaux. Dès gamin, j’étais passionné. J’avais envie de savoir les déterminer, de savoir où est-ce qu’elles vivaient, comment elles interagissaient entre elles. Puis j’ai eu envie de savoir les mêmes choses au sujet des orchidées, des arbres, des chauve-souris… Tout a donc commencé avec le goût de l’identification et de la compréhension des interactions entre les êtres vivants. Pourquoi les oiseaux ? Je ne saurais vous dire. C’est eux qui m’ont attrapé, en fait. Dès 10-11 ans, j’ai rejoint des associations de protection de la nature, notamment le Centre de recherches ornithologiques de Provence. Parce que je suis né dans le Vaucluse.
Quand, comment et pourquoi avez-vous créé votre société, Spygen ?
Je suis venu à la génétique par les chauves-souris. Je travaillais alors sur celles du Maghreb. Au début des années 2000, pour retracer leur histoire évolutive, on capturait les individus, on prélevait un petit fragment de peau, puis on passait au labo pour séquencer leur ADN. C’est comme ça qu’on identifiait l’espèce. Le terme « ADN environmental » est apparu dans les années 80. Il était surtout utilisé par des microbiologistes comme Andrew Ogram, à l’université du Tennessee, qui s’intéressait aux bactéries présentes dans les sédiments. Il extrayait directement l’ADN de l’environnement — sans passer par l’organisme lui-même — pour reconstituer la composition de ces communautés invisibles. Dans les années 2000, plusieurs chercheurs, notamment Francesco Ficetola et Alice Valentini, ont repris cette idée d’ADN environnemental pour l’appliquer à des vertébrés. Leur question était simple : l’ADN laissé par un animal persiste-t-il dans l’environnement ? Francesco a travaillé sur la grenouille-taureau, une espèce invasive arrivée dans le sud-ouest de la France dans les années 60.
En conditions de laboratoire, mais aussi en extérieur, il a montré que l’ADN des grenouilles restait détectable dans l’eau — suffisamment pour les localiser sans jamais les voir. Alice, elle, a étudié l’ours Isabelle, un petit ours himalayen, de 1 à 2 mètres, que certains relient à la légende du yéti. C’est une espèce rare, menacée. Elle a le taux de reproduction le plus faible chez les mammifères : 1,3 petit tous les 5 à 7 ans. Les experts s’interrogeaient : ce rythme extrêmement lent est-il lié à son régime exclusivement herbivore ? Pour répondre, Alice a reconstitué son régime alimentaire en identifiant les fragments d’ADN végétal contenus dans ses excréments. C’est dans cette dynamique que Spygen est née en 2011. L’ambition initiale était de travailler sur les espèces vivant en milieu aquatique. À l’époque, les poissons étaient encore majoritairement inventoriés par pêche électrique. C’est efficace, mais pas génial pour les poissons. Nous avons préféré suivre une autre voie, plus douce et fondée, donc, sur l’ADN environnemental. La grande bascule est là : on a transposé une approche pensée pour des bactéries à des organismes plus grands et réussi à détecter leur présence simplement à partir de quelques litres d’eau.
Chaque animal laisse des traces, donc ? Comme un marcheur qui perd un cheveux ou crache dans la nature ? Il contribue, ainsi, à l’ADN environnemental d’un lieu ?
Exactement. Des molécules sont libérées dans l’air, l’eau, les sols. L’idée de l’ADN environnemental, c’est de se servir de l’environnement pour retrouver l’ADN des espèces qui l’ont parcouru. Dans le livre, je parle des toiles d’araignées, sur lesquelles se collent plein de molécules. On arrive à faire des inventaires de mammifères grâce aux molécules laissées dans les toiles. L’australien Michael Stat a lui mesuré qu’un seul litre d’eau de mer peut contenir jusqu’à 25 millions de fragments d’ADN. Quand on se baigne, on entre en contact avec les traces de centaines d’espèces. Cette capacité nouvelle à capter l’invisible est révolutionnaire. Elle bouleverse notre rapport au vivant, en rendant tangible ce qui échappait jusqu’alors à nos sens. Cela transforme en profondeur notre manière de percevoir les milieux naturels.
L’ADN environnemental permet donc une sorte de voyage dans le temps d’un lieu. Pouvez-vous me parler d’un lieu précis dont vous avez extrait l’ADN ? Qu’y avez-vous appris ?
On a parcouru trois fois le Maroni, ce grand fleuve qui traverse la Guyane et le Suriname sur plus de 600 kilomètres. Une première fois en 2017, puis en 2021, et à nouveau en 2025. En 18 jours, on a dressé un inventaire complet : bactéries, poissons, mammifères. En une seule campagne, on a retrouvé presque toutes les espèces de poissons décrites dans le fleuve depuis deux siècles. Concrètement, on filtre l’eau, en faisant passer 30 litres dans une capsule équipée d’un filtre qui retient l’ADN. On a appliqué la même méthode sur l’ensemble du Rhône, à plusieurs reprises. On y a redécouvert des espèces rares, comme l’Apron du Rhône, présent dans certains affluents. Dans la Seine, on a également eu des surprises, comme trois espèces de moules menacées, repérées tout près de l’île Saint-Louis.
